Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -4 3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 3 6 -6 -5 -3 13 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 50 0 0 0 1.12 1.44 2 I -4 -5 -6 -7 -4 -4 -6 -7 -6 5 3 -6 1 4 -4 -5 -4 -4 -2 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 31 30 0 3 16 1 0 0 0 1 17 1.04 1.63 3 S 2 -3 -2 -4 -4 -3 -4 6 -2 -6 -6 -1 -4 -5 -3 1 -3 -6 -4 -4 15 1 1 0 0 1 0 64 1 0 0 3 0 0 1 9 1 0 0 1 1.28 1.67 4 S 0 0 1 2 -3 3 4 -3 1 -4 -3 1 -2 -5 -2 0 -1 -6 -3 -5 8 4 6 11 0 11 28 1 3 1 2 10 1 0 1 8 3 0 1 0 0.51 1.69 5 R -3 7 1 -3 -5 0 -2 -5 -2 -3 -4 3 -3 -4 -5 -3 -2 -3 -3 -3 1 62 6 1 0 3 1 0 1 2 1 15 0 1 0 1 2 0 1 1 1.33 1.68 6 V -4 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 6 4 -6 0 -1 -6 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 38 0 2 2 0 0 0 0 0 11 1.27 1.68 7 K 0 5 -2 -3 -4 0 -1 -5 -2 -3 -4 5 -4 -4 -5 -1 -2 -4 -3 -3 7 35 2 1 0 3 4 0 1 1 2 36 0 0 0 3 2 0 1 2 0.98 1.71 8 S 1 1 -1 -1 -5 3 3 -3 1 -2 -1 1 0 -1 -4 0 0 -3 1 -2 11 8 2 3 0 11 21 2 4 3 5 7 2 3 0 7 6 0 4 2 0.29 1.70 9 K 3 2 -4 -5 -2 -1 -1 -4 -2 1 3 -1 -1 -2 -4 -3 -3 1 -1 0 22 13 0 0 1 3 4 1 1 8 31 3 1 2 0 1 0 2 3 5 0.45 1.69 10 R -3 8 -4 -5 -3 -2 -3 -6 -4 -3 -2 -1 3 -4 -5 -3 -3 -6 -4 -4 1 82 0 0 1 0 0 0 0 2 4 1 7 1 0 1 1 0 0 1 1.84 1.68 11 I -1 1 0 -1 -2 1 3 -3 -2 -1 -1 4 0 -5 -3 -2 -1 0 -5 -3 4 6 4 3 1 7 22 1 1 5 6 28 2 0 1 1 5 1 0 2 0.50 1.68 12 Q 1 2 -1 -1 -3 2 3 -3 1 -2 -1 2 1 -4 -5 -1 -2 -2 -1 -3 14 10 2 3 0 9 19 1 4 3 8 13 3 1 0 4 2 1 2 1 0.32 1.68 13 L 1 3 0 -4 -1 -1 -3 -4 -1 -2 2 3 0 -2 -5 -2 -2 -3 -2 -2 13 18 5 0 1 3 1 1 2 2 24 19 3 2 0 3 2 0 1 2 0.44 1.67 14 G -2 -1 3 0 -3 -1 -2 6 0 -5 -6 1 -4 -6 -5 -1 -4 -6 -4 -5 2 4 14 4 1 3 2 53 2 1 0 11 0 0 0 3 0 0 0 0 1.04 1.64 15 L -4 -3 -6 -6 -3 -4 -4 -6 -3 2 5 -4 5 0 -6 -5 -3 3 1 -1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 9 51 0 18 4 0 0 1 5 4 3 1.05 1.63 16 N -3 -2 0 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 0 -4 -5 -3 4 6 -6 -5 -3 0 1 4 1 0 0 1 1 1 0 1 6 0 0 1 34 50 0 0 1 1.17 1.62 17 Q -1 0 -3 -3 -5 8 -1 -3 -2 -2 0 -1 0 -5 -3 -3 -3 -5 -4 -2 4 4 0 0 0 67 1 2 0 3 9 1 2 0 1 1 1 0 0 2 1.35 1.63 18 A 1 2 -1 1 -5 2 3 -2 -1 -4 -4 2 -1 -5 -2 1 0 -6 -2 -2 14 10 2 6 0 10 19 3 1 1 2 11 1 0 2 9 6 0 1 3 0.36 1.64 19 E 1 -2 -1 3 -6 4 5 -3 -1 -5 -5 0 -2 -5 -4 -1 -2 -6 -2 -3 12 2 2 13 0 16 38 1 1 0 0 5 1 0 0 3 2 0 1 1 0.80 1.64 20 L -3 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 1 6 -6 1 2 -6 -5 -3 -5 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 73 0 3 9 0 0 1 0 0 8 1.30 1.63 21 A 6 -3 -4 -5 -1 -4 -2 1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 -3 -6 -5 -2 79 1 0 0 1 0 2 10 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 0 2 1.39 1.63 22 Q -1 2 0 2 -6 1 4 -2 0 -3 -3 2 -3 -4 -4 0 -1 -6 -3 -3 5 10 3 13 0 5 28 3 2 1 2 14 1 1 0 5 3 0 1 2 0.51 1.61 23 K 1 4 -3 -3 -3 1 0 -3 -1 0 1 3 1 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -2 14 20 1 1 0 5 4 1 2 5 14 20 3 1 0 3 1 0 2 2 0.43 1.71 24 V 2 -5 -5 -4 2 -5 -5 -3 -5 3 3 -5 2 -1 -5 0 1 -5 -4 3 17 0 0 1 4 0 0 2 0 15 24 0 4 2 0 7 7 0 0 17 0.53 1.67 25 G -3 -2 1 1 -3 -3 -2 6 -1 -6 -5 -2 -5 -4 -5 -1 -3 -6 -3 -5 1 2 6 6 1 1 2 71 1 0 1 2 0 1 0 3 1 0 1 1 1.39 1.66 26 T -3 -3 -6 -4 0 -3 -5 -6 -6 4 2 -3 2 -1 -6 -3 -1 1 -3 5 1 1 0 1 2 1 0 0 0 23 15 1 4 2 0 1 4 2 1 40 0.84 1.68 27 T 0 -2 0 1 -2 -2 -2 -1 0 -3 -5 1 -4 -6 -1 5 3 -6 -5 -3 5 2 3 6 1 1 2 4 3 1 1 8 0 0 3 40 21 0 0 1 0.67 1.69 28 Q -1 4 0 -2 -3 4 0 -3 -1 -2 -2 2 -4 0 1 -2 -2 -2 0 -1 5 20 4 1 0 19 5 1 1 2 3 13 0 4 7 2 3 1 4 4 0.43 1.67 29 Q 0 0 1 -2 -5 4 -1 1 -2 -4 -5 -1 -1 -6 1 3 0 -1 -3 -2 7 4 8 1 0 22 3 10 1 1 1 3 2 0 8 21 7 1 1 3 0.47 1.67 30 S 2 -2 -2 -4 -4 2 -2 -3 -1 -2 -3 -2 1 -1 -4 2 4 0 2 -2 18 1 2 0 0 9 2 1 1 1 2 2 4 3 0 15 28 1 7 2 0.50 1.68 31 I -3 -6 -6 -6 -2 -2 -6 -6 -5 6 2 -5 1 -2 -6 -5 -3 -1 1 3 1 0 0 0 1 2 0 0 0 50 15 0 2 1 0 0 1 1 5 19 1.12 1.68 32 E 0 -1 0 -3 -3 2 -2 0 1 -3 -3 -2 -2 -3 -4 5 -1 0 -1 -4 7 2 5 1 0 10 1 8 3 1 2 2 1 1 0 48 2 2 3 1 0.68 1.69 33 Q -2 3 3 0 -6 3 -1 -2 1 -4 -2 4 0 -3 -5 -1 -3 -6 -2 -4 3 15 15 5 0 13 2 3 3 1 5 24 2 1 0 4 1 0 2 1 0.54 1.69 34 L -3 -6 -6 -5 -5 -3 -6 -6 -2 5 1 -6 0 0 -6 -4 -3 8 5 0 2 0 0 1 0 1 0 0 1 30 14 0 2 2 0 1 1 22 19 6 1.26 1.69 35 E -3 -2 -3 -1 -2 -1 7 -5 -3 -4 -2 -1 -2 -3 -4 -3 -3 -6 -5 -4 1 1 0 1 1 1 85 0 0 1 5 2 1 1 0 0 1 0 0 1 1.70 1.68 36 N -1 4 4 -2 -3 0 -3 -3 1 -4 -3 2 -3 -6 -5 2 0 -6 -3 -4 6 23 22 1 1 3 1 1 3 1 2 12 1 0 0 17 6 0 1 1 0.66 1.68 37 G -2 -2 2 0 -5 -2 -2 6 0 -6 -6 -3 -3 -6 -5 -1 -3 -6 -4 -4 3 2 9 6 0 1 2 67 2 0 0 1 1 0 0 4 1 0 1 1 1.31 1.65 38 K -1 3 0 0 -5 1 2 -2 -1 -2 -1 4 -2 -4 -3 -2 0 -6 -3 -2 4 16 3 4 0 6 15 3 2 3 6 25 1 1 1 1 5 0 1 3 0.44 1.67 39 T 0 3 2 -2 -5 -1 -2 -2 -2 0 -3 -1 -1 -3 -3 3 4 -5 -1 -1 7 14 8 2 0 2 3 2 1 5 2 2 2 1 1 20 23 0 2 4 0.42 1.69 40 K -2 2 1 -2 -6 0 -2 -2 -3 -2 -2 1 -2 -3 6 -1 -2 -6 -4 -2 2 12 7 2 0 5 2 3 0 2 5 9 1 1 42 3 2 0 1 2 0.87 1.72 41 R -1 2 2 1 -2 -2 -2 0 -2 -1 -3 0 -2 -4 2 3 0 -6 -3 -2 4 13 10 7 1 2 2 8 1 3 3 5 1 1 10 21 6 0 1 3 0.32 1.76 42 P 1 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -1 -3 1 0 -1 0 -2 3 3 0 -3 -2 -1 11 2 1 2 0 2 2 4 1 8 9 3 2 2 15 24 6 0 1 5 0.30 1.77 43 R 0 1 -1 2 -5 -1 3 -1 -1 -3 -3 1 -2 -4 -2 2 0 -1 -3 -2 8 8 3 12 0 2 17 6 1 1 3 7 1 0 2 17 6 1 1 2 0.30 1.77 44 F -2 1 2 0 -4 -1 -1 -4 0 -2 -1 2 0 1 -3 0 3 -2 1 -1 4 8 8 5 0 3 3 1 2 2 7 13 3 6 1 7 19 1 5 4 0.24 1.78 45 L -2 -3 -4 -6 -4 -4 -5 -6 -6 3 5 -4 0 -1 -6 -4 -2 -1 -3 1 3 2 1 0 0 0 1 0 0 13 63 1 2 1 0 1 3 1 1 8 1.04 1.79 46 P 1 -1 -1 -2 -2 1 0 -3 0 2 1 0 1 0 0 -1 -2 0 0 1 12 3 3 2 1 7 7 2 2 11 11 6 3 5 4 5 2 1 3 11 0.11 1.82 47 E 1 2 -1 0 -4 2 2 -3 -3 -4 -3 4 0 -6 -3 0 -2 -6 -3 -3 14 11 3 5 0 9 15 2 0 1 3 22 2 0 1 6 2 0 1 2 0.45 1.82 48 L -3 -4 -6 -7 -1 -6 -5 -7 -6 5 4 -6 1 0 -6 -5 -3 -1 -2 1 2 1 0 0 1 0 0 0 0 39 43 0 3 3 0 0 1 1 1 6 1.16 1.80 49 A 6 -3 -4 -4 2 -3 -3 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -4 2 -2 -6 -4 -3 65 1 0 1 4 0 1 2 0 1 5 2 0 1 0 15 1 0 0 1 1.09 1.80 50 S 0 2 2 2 -4 2 3 -1 0 -3 -4 3 -2 -5 -4 -1 -1 -4 -5 -4 8 12 9 10 0 8 16 4 2 2 2 18 1 0 0 5 4 0 0 1 0.42 1.80 51 A 4 -2 -4 -5 0 -2 -2 -2 -3 1 0 -1 -1 1 -5 -2 -1 -5 0 2 41 2 1 0 2 2 2 2 1 8 8 3 1 5 0 2 3 0 4 14 0.52 1.81 52 L -4 -4 -6 -6 1 -4 -5 -6 -3 -1 6 -5 0 4 -6 -5 -2 -4 0 -2 0 1 0 0 3 0 1 0 1 2 68 1 1 17 0 1 2 0 3 1 1.25 1.79 53 G -3 -2 3 2 -6 0 1 5 1 -6 -6 0 -4 -6 -4 -1 -4 -6 -6 -5 1 2 15 13 0 4 8 43 3 0 0 5 0 0 1 4 0 0 0 0 0.90 1.81 54 V -2 -3 -6 -6 3 -5 -5 -5 -4 3 -1 -3 0 -2 -6 -4 0 -2 -2 6 2 2 0 0 6 0 0 1 0 14 2 1 2 1 0 1 6 1 1 59 1.13 1.81 55 S -2 -1 2 3 -4 -2 -1 -3 -1 -4 -5 -2 -5 -6 2 4 2 -6 -5 -4 2 3 9 16 0 1 4 1 1 1 1 2 0 0 12 35 12 0 0 1 0.71 1.80 56 V 1 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -6 -3 3 1 -4 0 -3 4 -3 0 -6 -2 3 10 1 0 0 0 0 2 0 1 15 12 1 2 1 22 2 5 0 1 24 0.64 1.80 57 D -1 -3 1 5 -3 -1 2 -2 0 -3 -1 -2 0 -4 -3 1 0 -6 -3 -3 5 1 6 29 1 2 14 3 3 2 7 2 3 1 1 12 5 0 1 2 0.48 1.80 58 W -2 -3 -4 -1 -6 0 1 -4 -1 -3 -4 -3 -2 2 -6 -2 -2 9 6 -2 4 1 0 4 0 4 8 1 1 1 1 1 1 8 0 3 3 30 25 2 1.34 1.80 59 L -5 -3 -6 -7 -5 -5 -5 -7 -6 0 6 -6 0 4 -6 -5 -4 -4 -3 -1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 4 72 0 1 16 0 0 1 0 0 3 1.40 1.77 60 L 0 -3 -5 -4 -4 -1 -1 -5 -3 2 4 -1 1 4 -5 -3 -3 -4 -1 0 7 1 0 1 0 3 5 0 0 10 35 3 3 20 0 1 1 0 2 6 0.61 1.75 61 N -1 0 0 -1 -3 -2 2 2 1 -4 -4 -1 -1 0 -2 1 3 -5 1 -4 5 5 5 3 0 1 12 16 3 1 1 4 1 4 2 9 22 0 5 1 0.33 1.73 62 G -2 -1 -2 -1 -5 -3 -1 6 -5 -4 -3 -2 -4 -2 -4 0 -1 -3 -4 -5 2 4 2 3 0 1 5 66 0 1 3 2 0 2 1 5 3 0 1 1 1.17 1.73 63 T -1 0 1 1 -5 0 3 -4 -1 -1 -1 1 -1 -3 -1 1 2 -6 -2 -1 5 5 6 9 0 3 19 1 1 4 6 7 1 1 4 9 14 0 1 5 0.25 1.71 64 S -2 -1 1 3 -3 -1 1 4 -2 -6 -5 -2 -4 -4 0 1 -1 -6 -4 -4 2 3 5 16 0 2 10 36 1 0 1 2 0 1 5 10 4 0 1 1 0.64 1.69 65 D -1 -2 1 4 -6 0 4 -4 -2 -3 -4 -1 -3 -6 0 -1 2 -6 -4 -4 4 2 5 26 0 4 31 1 1 1 1 3 1 0 4 4 11 0 0 1 0.73 1.68 66 S 1 -3 -3 -3 -5 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 6 -3 5 2 1 -6 -5 -3 10 1 1 1 0 2 3 1 0 2 1 2 20 1 31 13 10 0 0 1 0.85 1.63 67 N 2 -1 5 2 -5 1 0 -3 0 -4 -5 -1 -4 -3 -1 1 -1 -6 -1 -3 21 3 31 10 0 5 4 0 2 0 0 4 0 1 2 9 3 0 3 1 0.61 1.46 68 V 3 -3 -2 -3 -4 -3 -2 -4 -5 3 0 -3 -2 -4 -1 -2 -1 -5 0 4 26 1 2 1 0 1 3 0 0 17 9 1 0 0 4 2 3 0 3 28 0.51 1.33 69 R -4 7 -3 -4 -6 2 -2 -4 -3 -5 -5 4 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 69 0 0 0 9 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 1.06 K Lambda Standard Ungapped 0.1251 0.3089 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1906 0.3174 PSI Gapped 0.0583 0.2670